제주시에서는 축산업 허가를 받은 한・육우, 젖소, 돼지, 닭, 오리 농가를 대상으로 2021년 깨끗한 축산농장 지정 신청을 2월부터 연중 사업장 소재지 읍・면・동에서 접수 받는다.
깨끗한 축산농장은(CLF: Clean Livestock Farm) 악취발생 저감 및 가축사육환경 개선 등 축사 환경이 우수한 농가를 대상으로 축산환경관리원의 서류심사와 현장평가를 거쳐 농림축산식품부가 지정하는 제도로, 지정 후 5년의 지정기간 동안 농장 주변 청소 상태, 분뇨 처리시설 관리 상태 등 매년 엄격한 사후관리를 실시하고 있다.

지정된 농가는 정부의 우수 인증을 받았다는 자긍심과 함께 축산사업 대상자 선정 시 30%의 가산점 적용과 금년도 신규예산 편성된 깨끗한 축산농장만을 위한 인센티브 지원사업에 참여할 수 있는 혜택이 주어지고 있다.
앞으로 제주시에서는 현재 100개소인 깨끗한 축산농장을 2025년까지 200개소로 늘리는 것을 목표로 축산농가의 자발적인 참여를 유도하여 지역주민과 상생하는 깨끗하고 쾌적한 축산농장이 확산되도록 지속적으로 노력해 나갈 계획이다.
지정 농가에 대한 인센티브 지급 등 적극적인 행정지원을 통해 비지정 농가와 차별화 전략으로 강화된 축산환경 요구에 걸맞은 축산업을 육성해 나갈 방침이다.