제주시에서는 가축사육 환경개선과 쾌적한 지역 환경을 제공하고 품질 좋은 축산물을 공급하기 위하여 깨끗한 축산환경 조성을 적극 추진한다.

깨끗한 축산농장 지정 주요 내용으로는 지역주민과 상생할 수 없는 축산은 살아남을 수 없다는 위기감으로 농식품부에서 마련한 ‘깨끗한 축산환경 조성 추진대책’의 일환으로 마련되어 추진되는 사업이며 방역관리 및 환경개선(냄새발생 저감 등), 가축의 사양관리(사육밀도·사료) 등 축종별 평가 후 (재)축산환경관리원 검증을 통하여 100점 중 70점 이상 획득 시 깨끗한 축산농장으로 지정된다.

‘깨끗한 축산농장 지정’을 신청하고자 하는 축산농가는 사업공모 시, 사업신청서를 작성하고 구비서류를 첨부하여 제출하면 평가 절차에 의하여 최종 농림축산식품부로부터 지정서를 받게 된다.

앞으로 제주시에서는 농가 자구노력 일환으로 깨끗한 축산농장 환경 만들기 붐을 조성하기 위해 사업신청(분기별 평가) 홍보를 강화하고 지정농가에 대해서는 축산사업 우선순위로 지원해 나갈 방침이며 축산환경개선을 중심으로 깨끗한 축산농장을 2025년까지 200개소 조성 목표로 지역주민과의 상생하는 축산업으로 거듭나갈 계획이다.